Considerando que os projetos na área ambiental visam à conservação e à preservação do meio ambiente, associado ao desenvolvimento sustentável, o planejamento ambiental permeia os projetos de pesquisa, extensão e serviços realizados pela equipe multidisciplinar que compõe o ISAM.
Utilizando-se de métodos consagrados, a equipe do ISAM realiza: adaptação ou criação de novas metodologias, diagnósticos e prognósticos, e define programas, projetos e ações voltadas para o planejamento ambiental em diversos setores da sociedade, tais como: planos ambientais municipais; zoneamentos ambientais para municípios e bacias hidrográficas; e planos de saneamento e de resíduos, entre outros.
Os estudos realizados pelo ISAM têm contribuído com o planejamento ambiental regional, podendo-se citar a participação na elaboração do Plano Estratégico de Desenvolvimento Regional 2016/2030 - realizado em conjunto com outros setores da UCS - para os Conselhos de Desenvolvimento Regional (COREDEs) Campos de Cima da Serra, Hortênsias e Serra, que formam a Região Funcional 3 no Estado do Rio Grande do Sul.