Compete ao Colegiado do Programa deliberar sobre assuntos gerais, avaliar recursos, analisar o desempenho docente e a produção científica, além de planejar e supervisionar. Ainda é de sua competência estabelecer diretrizes, linhas e pesquisa e atualizações ao Programa.
Cabe à Comissão de Autoavaliação monitorar a efetividade do planejamento estratégico do programa e de suas ações, com foco no cumprimento das metas de formação discente, de produção científica e tecnológica e no impacto socioeconômico.