Em 11 de outubro de 2001, foi inaugurado o UCS Aquarium, um conjunto de 21 aquários, somando aproximadamente 50.000 litros de água, que reúne para fins de exposição e estudo cerca de 800 indivíduos de 70 espécies entre cnidários, equinodermos, crustáceos, peixes e répteis.
São 19 aquários de água doce, com espécies oriundas das Américas do Sul e Central, África, Europa e Ásia. Os 2 aquários marinhos possuem espécies principalmente do Oceano Atlântico e Pacífico.
Além dos aquários os visitantes contam com painéis que retratam os ecossistemas aquáticos, enfatizando temas como a cadeia alimentar, o tempo de degradação do lixo no mar, o mapa mundi e os peixes do litoral do Brasil.
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